Komandoria joannitów. Na terenie dzisiejszego kościoła maltańskiego znajduje się miejsce pierwotnego założenia należącego do Zakonu Rycerskiego Szpitala św. Jana w Jerozolimie (czyli joannitów) z XII wieku, a tym samym wielkiego przeoratu Czech. Komandoria ta należy do najstarszych na północ od Alp. Budynki klasztorne leżały poza murami miejskimi i zapewne dlatego mają tak znaczne umocnienia obronne. Świadczą o tym do dziś wieże kościoła maltańskiego, leżącego w miejscu pierwotnej budowli romańskiej. Zakon szybko objął prowadzenie szpitala. Według opisów przy kościele znajdowało się dostępne od zewnątrz pomieszczenie, które najprawdopodobniej było przeznaczone dla pielgrzymów. To z Pragi pochodziły impulsy do zakładania innych domów zakonnych, m. in. tych w Českim Dubie, Żytawie i Hirschfelde. Komandoria praska przekształciła się w XVII wieku w niezależną dzielnicę, w której znajdowało się 58 domów mieszczańskich. Od czasów reformacji, kiedy to zakony maltański i joannitów rozdzieliły się, wielki przeorat Czech należy do maltańczyków.